忍者特训是提升玩家操作和战术理解的核心玩法之一，分为基础训练、进阶训练和实战训练三个阶段。基础训练包含手位训练、查克拉掌控等28个关卡，重点培养忍者基础操作能力，例如击败影分身的鸣人需优先攻击本体。进阶训练则聚焦忍者特性专项提升，如点燃训练需在敌方治疗前用佐助奥义点燃目标，驱散训练要求掌握小樱奥义解除负面状态的时机。实战训练综合考验阵容搭配与战斗策略，需根据敌方特性调整战术，例如对抗再不斩时需搭配驱散型忍者。
攻防特训作为特色模式，允许玩家自由分配忍者属性点并选择先攻或后攻阵营。先攻阵营在奇数回合先手，后攻阵营则全程获得10%属性加成。属性加点需注意衰减机制：生命值每点初始增加1000点（后续衰减20点），其他属性每点初始增加500点（衰减10点）。输出型忍者建议侧重忍术或体术，防守型则均衡提升防御与抗性。阵容搭配上，先攻阵营适合全输出组合如宇智波止水+带土，后攻阵营可考虑功能性忍者如奈良鹿丸+佐井。
忍者特训的战斗机制强调回合策略与奥义释放时机。例如目标选择关卡中，需手动选中手鞠释放勘九郎奥义进行保护，并在第二回合精准计算宁次奥义反制时间。破坏训练则要求第一回合用小李奥义控场，第二回合优先击杀天天再打断自来也。部分关卡存在随机性因素，如鸣人分身数量可能影响叠伤训练成功率，需多次尝试优化操作顺序。
活动奖励方面，完成任务可获得速之晶石、铜币及勾玉晶石，失败也能积累奖励。普通模式适合熟悉机制，死斗模式则考验极限操作。需注意忍具和饰品效果在特训中生效，合理利用增益效果可降低通关难度。每周限时活动如功夫特训需消耗挑战券，通过副本或活跃宝箱获取招式组合提升伤害效率。
长期参与忍者特训能系统性强化对战技巧，尤其需关注阵容克制关系与属性衰减规律。实战中建议关闭二倍速以精确把控奥义节奏，并优先完成基础训练解锁高阶内容。忍者特性与追打链的联动是通关关键，例如鹿丸定身追打可控制敌方核心单位。
